東京新聞(2018/01/09)は、2017年11月のマイナンバー本格運用を前に、全国の自治体がサイバーセキュリティー対策を強化したことによって、住民や民間業者からのメールや申請書類が届かないといったトラブルに見舞われ、45都道府県の300超の市区町村で業務に支障が出ていたことがわかったと報じています。

高度なセキュリティーシステムを導入した結果、問題のないメールや添付書類が、迷惑メールや安全性が疑わしいファイルと誤認され、自動的に削除されたとのこと。
政府も問題を把握しており、対策の検討に入ったとのことです。