変形労働時間制とは、一定の単位期間について、週あたりの平均労働時間が
週法定労働時間の枠内に収まっていれば、1週または1日の法定労働時間の
規制を解除することを認める制度です。
⇒法定労働時間とは

単位期間を4週間とした場合について具体例をあげると、
4週目の所定労働時間を45時間と設定しても、
その他の1~3週目の所定労働時間を短くすることで、
当該月における週あたりの平均労働時間が40時間以内に収まっていれば
所定労働時間が45時間の週があっても、労働基準法32条1項には違反しない
ものとして扱われるものです。

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労働基準法32条の定める1週40時間・1日8時間という労働時間の原則では、
各週、各日ごとに規制が行われます。
ある週の労働時間が40時間を超えたり、ある日の労働時間が8時間を超えた場合
には、原則的には、他の週や他の日の労働時間を短くしたとしても、法定労働時間の
上限を超えたと判断され、労働基準第36条に基づく労使協定(36協定)を締結するなど
の措置をとらない限り法違反が成立します。
また、割増賃金の支払は協定の締結に関わらず必須となります。

しかし、変形労働時間制をとることによって、労働時間の長い週や日と、
短い週ないしは日との間で労働時間を平均し、その「平均時間が週40時間を超えるか」
という基準によって労働基準法に違反しているかどうかを判断できるようになります。

変形労働時間制には、
1)1カ月単位の変形制(労働基準法32条の2)
2)1年単位の変形制(労働基準法32条の4、同4の2)
3)1週間単位の非定型的変形制(労働基準法32条の5)
の3種類があります。

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1)1カ月単位の変形労働時間制 は、就業規則、労使協定によって導入することが
できます。
2)1年単位の変形制 は、企業において過半数の労働者を組織する労働組合が
ある場合にはその組合、ない場合には過半数の労働者を代表する者との労使協定を
締結することによって導入できます。
また、原則1日の労働時間の限度が10時間、1週の労働時間の限度が52時間とする
(労働基準法施行規則12条の4第4項)などの制約が設けられています。
3)1週間単位の非定型的変形制 についても、導入には労使協定の締結が必要と
されています。
対象となる事業場は、労働者30人未満の小売業・旅館・飲食店等に限定されています。